Com o surgimento do futebol de salão na década de 40 no sul do país, o esporte da bola pesada despertava emoções e fazia sucesso entre os jovens brasileiros. Em cada Estado do Brasil, o futebol de salão caía no gosto da população, e em pouco mais de 20 anos transformava-se em um esporte definitivamente popular.

Em Sergipe não foi diferente. No início, crianças, jovens e adultos improvisavam o esporte nas ruas e nas escolas. Após a construção de quadras especializadas para o futebol de salão, a modalidade começou a ter um número maior de praticantes. Começaram os torneios de bairros, campeonatos de escola, peladas, enfim, o esporte abrangia curiosos, iniciantes, amadores e profissionais.

Naquela época por volta da década de 50, o esporte foi implantado nos principais clubes da capital, a exemplo da Associação Atlética de Sergipe, Iate Clube de Aracaju e Vasco Esporte Clube. O futebol de salão era a principal atividade entre os atletas sergipanos.

Com a expansão do esporte, foi necessário fundar um grupo que administrasse as regras, os clubes e as competições daquela época. Para isso, no final da década de 50, mais precisamente, no dia 30 de abril de 1959, surgia a então Federação Sergipana de Futebol de Salão, hoje definida como Federação Sergipana de Futsal (FSFS).

Dr. Lélio Fortes foi designado o primeiro presidente da Federação. Com ele, o futebol de salão entrou numa nova era – difusão do esporte em todo estado. Ao decorrer dos anos, diversas gestões fizeram com que a atividade se tornasse cada vez mais popular entre os desportistas e admiradores. E, em 1985, a entidade foi filiada à Confederação Brasileira de Futebol de Salão (CBFS).

Reconhecimento
Durante os 49 anos de existência da Federação, vale ressaltar a administração do desportista Renan Tavares. Com mais de 18 anos à frente da entidade, Renan estruturou o esporte em Sergipe. Ele conseguiu mobilizar torcedores, dirigentes, atletas e demais pessoas interessadas na modalidade na tentativa de engrandecer o futebol de salão em todo o estado. Além de promover vários campeonatos estaduais, das mais diversas categorias, Renan conseguiu também trazer alguns jogos importantes da Seleção Brasileira de Futsal na década de 90. 

Atual Comandante
Atuando ao lado de Renan como vice-presidente durante esses longos anos, Manuel Menezes Cruz assumiu a FSFS no início de 2005. Desportista, radialista e advogado, Cruz vem dando sequência ao trabalho desenvolvido pelo colega Renan Tavares. Nesses três anos de gestão, ele ampliou as ações da entidade e introduziu uma linha de comunicação inédita no Estado. Criou uma Assessoria de Imprensa e um site, alcançando assim um grande número de pessoas envolvidas no futsal sergipano.